Hội Tam Điểm được tổ chức thành các hội quán (loge, lodge). Đó là các nhóm cơ sở và nắm quyền lực chủ yếu của hội, nhất là quyền tuyển lựa thành viên mới. Các hội quán hợp thành các hội phái (tiếng Pháp: obédience, tức các Đại hội quán - Grand Lodge hoặc ở Pháp và vùng ảnh hưởng là các Grand Orient). Trên hết, thuật ngữ, dòng hội Tam Điểm (tiếng Pháp: Ordre maçonnique) để chỉ một ý tưởng về một hội Tam Điểm toàn cầu(chứ không phải một cấp tổ chức thực sự). Kiểu mẫu tổ chức này của hội tam điểm được vay mượn bởi rất nhiều tổ chức phi tam điểm, nhất là ở Anh và Hoa Kỳ, như những tổ chức tương tế xã hội hoặc B'nai B'rith.

Hai nhánh chính

Dựa trên sự khác nhau về nghi thức tam điểm giữa các hội phái mà người ta có thể nhìn nhận Hội Tam Điểm bao gồm hai nhánh chính:

• Nhánh truyền thống cũng là nhóm phổ biến hơn trên thế giới, tập hợp hầu hết các hội phái kết nạp một cách thường xuyên.
• Nhánh tự do không áp đặt bất kỳ niềm tin cụ thể và chấp nhận vô thần.